Немања Марковић је рођен 26.04.1988. године у Београду. Основну школу похађао је у Младеновцу, а средњу техничку школу, смер – ветеринарски техничар у Тополи. Филозофски факултет – група за археологију уписао је 2008. године, а дипломирао 2012. године као први у генерацији са просечном оценом 9 и стекао звање дипломирани археолог. На истом одељењу наредне 2013. године уписао је мастер студије које је успешно завршио са просечном оценом 10. Докторске студије уписао је крајем 2013. године на Одељењу за археологију Филозофског факултета у Београду, а докторску дисертацију под насловом: „Економија рановизантијске метрополе Царичин град: археозоолошки приступ“ одбранио је на истом одељењу 14.09.2018. године. Током основних и мастер студија био је стипендиста Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије. Н. Марковић је од 2013. године запослен у Археолошком институту у Београду. У периоду од 2013. до 2019. године био је сарадник на пројекту Процеси урбанизације и развоја средњовековног друштва, Министарство науке, технолошког развоја и иновација Србије (бр.177021) (носилац пројекта: Археолошки институт Београд; руководилац: др Вујадин Иванишевић). Током 2019. године био је сарадник на два пројекта: Археолошка налазишта и налази средњег века са територије Младеновца (носилац пројекта: Музеј града Београда; руководилац: Велибор Катић) и на пројекту Израда финалне документације и обезбеђивање трајног и безбедног складиштења остеолошког материјала са ранијих антрополошких истраживања у Сирмиуму (носилац пројекта: Археолошки институт Београд; руководилац: др Наташа Миладиновић-Радмиловић), финансирани од стране Министарства културе и информисања Републике Србије. У периоду од 2020. до 2022. године био је сарадник на пројекту Регионална апсолутна хронологија касног неолита у Србији (бр. 6062361) (носилац пројекта: Балканолошки институт САНУ; руководилац: др Мирослав Марић) финансиран у оквиру Програма за изврсне пројекте младих истраживача Фонда за науку Републике Србије. Н. Марковић је од 2017. године коруководилац са В. Катићем на десетогодишњем мултидисциплинарном пројекту Космај и окружење у доба деспота Стефана Лазаревића финансираног од стране Градске општине Младеновац, који је једним делом подржан и од стране Министарства културе и информисања Републике Србије. Током 2019. године у оквиру међународног пројекта изградње гасовода „Турски ток“ извршена су заштитна археолошка истраживања средњовековног локалитета Црквено брдо, на којима је Н. Марковић, био задужен као руководилац археозоолошких истраживања за анализу и адекватну припрему за трајни смештај животињских остатака који су откривени током истраживања. Руководилац је међународног пројекта Паразитизам и човеково палеоокружење током плеистоцена на Западном Балкану: успостављање мултидисциплинарног протокола (2023–2024) финансираног од стране Leibniz Science Campus Geogenomic Archaeology campus Tübingen (GACT), Немачка.
Ужа специјалност Н. Марковића је археозоологија, научна дисциплина која за предмет истраживања има интеракцију између људи и животиња у прошлости кроз анализу животињских остатака са археолошких налазишта. Н. Марковић је вршио анализе археозоолошког материјала са праисторијских налазишта (Баташево и Јабланица код Младеновца, Благотин код Трстеника, Ранутовац код Врања, Бубањ код Ниша, Супска код Ћуприје, Иђош-Градиште код Кикинде), касноантичких (Сирмијум у Сремској Митровици и Давидовац−Градиште код Врања), раносредњовековних (Ушће код Обреновца, Велика−Хумка код Батајнице, Пионирска улица у Новом Бечеју и Црквено брдо код Сенте), позносредњовековних (Градина–Трешњевица код Ивањице, налазишта на планини Рудник, манастира Студенице, Црквено Брдо код Сенте, Дивичмеђ код Младеновца, Доврине-Маџарско гробље код Аранђеловца и Ђурине ћелије код Тополе), и са Београдске тврђаве из римског и позносредњовековног периода. Учествовао је на теренским истраживањима манастира Иловице на Михољској превлаци, средњовековних налазишта на планини Рудник и рановизантијског налазишта Царичин град.
У сарадњи са професорима Факултета ветеринарске медицине у Београду, 2013. године је покренуо пионирска истраживања на пољу палеопатологије животиња на простору централног Балкана. Тренутно ради на утемељењу и даљем развоју истраживања древних болести животиња на овом географском простору. Резултати досадашњег рада у овој области огледају се у преко десет чланака у међународним часописима из области палеопатологије и учешћа на домаћим и међународним научним скуповима.
Током 2014. године, за потребе AHRC пројекта Cultural & Scientific Perceptions of Human-Chicken Interactions, учествовао је у креирању базе о скелетним остацима кокошака са археолошких локалитета у Србији. Спољни је сарадник на међународном пројект Five thousand years of history of domestic cat in Central Europe. Interdisciplinary study of paleogenetics and archaeozoology; National Science Centre, Poland (no 2019/35/B/HS3/02923), руководилац др Данијела Поповић, Универзитет Варшава (Пољска). У оквиру студијског боравка уз финансијску подршку пројекта Српско – немачко – француска истраживања у области Царичиног града, радио је током октобра и новембра 2014. године на прикупљању релевантне литературе за израду докторске дисертације у библиотеци Римско – германског централног музеја у Мајнцу (Römisch – Germanische Zentralmuseum – RGZM).
Од 2013. године члан је Српског археолошког друштва и Међународног удружења археозоолога (International Council for Archeozoology (ICAZ)) са статусом доживотног члана. Од 2023. године члан је уредничког одбора међународног часописа Frontiers in Environmental Archaeology. Током новембра и децембра 2018. године био је стручни консултант на сондажним археолошким истраживањима неолитског налазишта Село у с. Међулужју код Младеновца, и током новембра и децембра 2022. године на сондажним рекогносцирањима југоисточних обронака планине Космај (носилац пројеката: Музеј града Београда; руководилац: Велибор Катић). Добитник је Повеље градске општине Младеновац из области науке за 2017. годину.
Н. Марковић је као члан организационог одбора учествовао на десетом скупу истраживачке радне групе за обрађену кост Међународног савета за археозоологију (ICAZ), који је одржан од 25. до 30. августа 2014. године у Народном музеју у Београду. Учествовао је као сарадник 2015. године на припреми изложбе Вотивне двоколице из Станичења код Пирота, у организацији Народног музеја у Београду. Изложба је била отворена у Галерији фресaка Народног музеја од 24. 12. 2015. године до 28. 02. 2016. године. Као члан организационог одбора и уредник зборника, учествовао је у организацији научног скупа од националног значаја посвећеног јубилеју шест векова манастира Павловац, који је одржан 31. јула 2017. године у Младеновцу. Такође је као аутор изложбе 600 година манастира Павловац учествовао у припреми, а изложба је била отворена 31. јула 2017. године у оквиру научног скупа. Током 2018. године као коаутор учествовао је у припреми три изложбе: Археолошки локалитет Царичин град, Споменик на месту смрти деспота Стефана Лазревића, и Биљни и животињски свет на територији Младеновца. У оквиру 42. годишњег скупа Српског археолошког друштва одржаног између 30. маја и 1. јуна 2019. године у Неготину, Н. Марковић је био коорганизатор сесије Сточарство и лов у Југоисточној Европи и суседним областима кроз време: археозоолошка перспектива. Током 2021. био је коаутор изложбе Средњовековно наслеђе Младеновца. Такође, био је коорганизатор међународног научног скупа Relatively Absolute. Absolute and Relative Chronologies of the Neolithic Period in Southeast Europe одржаног 10.06.2022. године.
Рецензент је радова у међународним научним часописима Plos One, International Journal of Osteoarchaeology, Journal of Archaeological Science: Reports, International Journal of Paleopathology, у зборнику Care or Neglect? Evidence of Animal Disease in Archaeology издавача Oxbow Books, Оксфорд (УК), проистеклог са међународног научног скупа 6th meeting of the Animal Palaeopathology Working Group of the International Council for Archaeozoology (ICAZ) одржаног у Будимпешти 2016. године. Такође је и рецензент радова публикованих у часопису од врхунског националног значаја: Зборник Народног музеја, као и радова у тематском зборнику Заштитна археолошка ископавања на траси магистралног гасовода од границе Бугарске до границе Мађарске, деоница 4, на територији општина Кањижа, Сента и Ада издавача Међуопштинског завода за заштиту споменика културе Суботица.
Наставно – научно веће Филозофског факултета Универзитета у Београду на VII редовној седници, која је одржана 22.09.2022. године изабрало је Н. Марковића за члана комисије за одбрану предлога теме докторске дисертације под насловом „Промене у начинима експлоатације животиња током касноантичког периода на простору југоисточне Европе: студија случаја локалитета Гамзиград – Felix Romuliana“ кандидата МА Младена Младеновића. Научно веће Археолошког института у Београду на редовној седници 09.03.2023. године именовало је Н. Марковића за подносиоца реферата за избор МА Младена Младеновића у звање истраживач сарадник.
Н. Марковић је држао предавања студентима осмог семестра на курсу Коштане алатке код проф. др Весне Димитријевић, о технологији израде чешљева од рога јелена из радионице са рановизантијског налазишта Царичин град, на Одељењу за археологију, Филозофски факултет у Београду (30.03.2015., 14.03.2016., 13.03.2017. и 07.05.2018.). Такође је 20.11.2015. године одржао предавање по позиву на тему: Economy of Early Byzantine Metropolis Caričin Grad: Archaeozoological Approach на археозоолошком семинару лабораторија: Лабораторија за средњовековну и постсредњовековну археологију (LA3M UMR 7298) и Медитеранска лабораторија за праисторију Европе и Африке (LAMPEA UMR 7269) на Универзитету Екс-Марсеј (Француска). Предавање по позиву одржао је 25.11.2021. године на тему: Wildlife as Landscape Proxy for Early Byzantine Caričin Grad (Justiniana Prima) на Другом међунардном скупу Experiencing the Landscape in Antiquity организованог од стране Универзитета Тор Вергата у Риму (Италија).
Н. Марковић је објавио 47 научних радова у домаћим и међународним часописима, зборницима радова и као поглавља у монографијама. Учествовао је са рефератима на 23 научна скупа, од тога осам домаћих и петнаест међународних. Уредник је зборника са националног скупа 600 година манастира Павловац, аутобиографског дела Пружатовачки летопис – сећања Милоша М. Марковића, тематског зборника међународног значаја Relatively Absolute. Absolute and Relative Chronologies of the Neolithic Period in Southeast Europe и тематског зборника водећег међународног значаја Animal Husbandry and Hunting in the Central and Western Balkans Through Time. Коаутор је монографије Археолошко наслеђе Младеновца од раног средњег века до раног модерног доба.